括专门化生物和非专门化生物、无细胞生物、单细胞生物和多细胞生物在内的各种不同
互动类群（包括所有互动类型）中的宿主利用方式的演化所做的一项 新的分析，支持
认为所有物种的生态互动都具有遗传性（即在演化过程中被保留了下来）这样一个观
点。同样规则似乎也推动着大多数生态互动的演化，并且对于地球生物多样性的组织也
有很大贡献。（Letter p. 918）


极为缓慢的蛋白演化过程（Proteins in the slow lane）
Sequence space and the ongoing expansion of the protein universe
蛋白演化只是在缓慢地发生，因为大部分氨基酸替换都可能是有害的，而且选择性将有
利于功能的保持。Inna Povolotskaya 和 Fyodor Kondrashov试图搞清楚这个过程到底
有多慢，他们的办法是，提出这样一个问题：古老的现存蛋白——即那些存在于“最后
普遍共同祖先”(LUCA)身上的蛋白——是否在继续从先祖序列分化？他们所采用的方法
是Edwin Hubble在其关于宇宙中星系退行的研究中所用的方法，其结论表明，现存蛋白
序列仍然在从相互之间扩展，因此也在从共同祖先扩展。分化的速度是非常慢的：35亿
年左右，因为LUCA的时间还没有长到达到序列分化极限的程度。这种缓慢性是序列空间
中的功能性蛋白序列稀少以及蛋白适应性非常强所造成的：98%的点不能在一个给定的
时刻接受一个氨基酸替换，而当其他互补性变化发生时，大多数点最终会被允许发生演
化。（Letter p. 922）


减少SLE治疗中强效免疫抑制药物用量的方法（Corticosteroid boost in lupus）
TLR recognition of self nucleic acids hampers glucocorticoid activity in
lupus
“系统性红斑狼疮”(SLE)是一种自免疫疾病，在这种疾病中，对自身核酸的先天耐受
性被破坏，产生毁灭性后果。近年来在治疗方法上取得的进展非常少，患者大部分仍用
高剂量糖皮质激素等强效免疫抑制药物来治疗，经常引起严重副作用。事实上，红斑狼
疮患者所需要的糖皮质激素剂量要比在如风湿性关节炎等其他自免疫疾病中所需的剂量
高得多。现在，对糖皮质激素的这种低敏感度的一个可能的解释已被发现。在SLE患者
中，Toll类受体TLR7和 TLR9（先天免疫中的关键成分）识别B细胞和“浆细胞样树突状
细胞” (PDC)上的自体核酸。现在研究发现，在SLE患者和易患红斑狼疮的小鼠中，用
TLR7/9刺激PDCs会降低糖皮质激素的免疫抑制功效。这表明，TLR 7/9信号作用的抑制
药物，如被称为“免疫调控序列”(IRSs)的新的一类寡核苷酸，有可能会被证明是有效
的、可减少皮质类固醇用量的药物。（Letter p. 937）


“终止密码子”终止mRNA的方式（How stop codons stop mRNA）
Principles of stop-codon reading on the ribosome
蛋白合成的终止在细菌中能以很高的保真性实现，这个时候mRNA上的“终止密码子”与
释放因子RF1 和 RF2结合，而不是与另一种带有一个氨基酸的tRNA相结合，同时一个新
合成的蛋白被释放出来。随着最近几种终止复合物的晶体结构的发表，现在有可能对
“终止密码子”能量状态的读出结果进行计算分析，同时搞清释放因子结合的这种高准
确性的起源。对14种不同终止复合物进行的分子动态模拟显示，“终止密码子”的读出
结果取决于几个以前没有被识别出的互动和识别开关，这些开关不能用三肽反密码子
“tRNA mimicry”模型来描述。（Letter p. 947）



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NEWS AND VIEWS
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Biochemistry: A radically different enzyme pp877-878
The enzyme co-substrate S-adenosylmethionine is a potential source of two
different free radicals, yet only one seemed to occur in nature. The
discovery of an unusual enzyme reveals that both radicals can be formed.
Joan B. Broderick
doi:10.1038/465877a
http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7300/full/465877a.html

Solar system: Blink from a remote world pp878-879
The use of stellar occultations to disclose unknown aspects of our Solar
System is not new. But the latest such event to be reported involves an
object that lies beyond the orbit of Neptune ― and is a first.
Bruno Sicardy
doi:10.1038/465878a
http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7300/full/465878a.html

Genomics: The tale of our other genome pp879-880
The groundwork for analysing the human microbiome [mdash] sequencing the
collective genome of all our resident microorganisms [mdash] is now done.
This work is of significance for understanding both human health and

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